采购入库单和采购发票结算后，入库单上的加税合计就成了不含

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您好，不是，入库单上有单独的无税金额这个字段，结算后，系统是把发票的无税金额回写到入库单的无税金额上。含税的还是含税金额。

但是现在结算后，入库单上表体的税率都是0了，发票上的税率以及价税合计是正确的，这个和入库单记账有关吗

那您入库单和发票都是当月的吗？如果入库单是之前月的，那不会入库单回写了。您需要做结算成本处理，回冲之前暂估。